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Hace algunos días hice un ejercicio de un sistema de ventas en PHP. Está escrito en puro PHP, nada de Javascript. Eso sí, para los estilos utilicé una variante de Bootstrap.
Los archivos no tienen una estructura, pero como lo dije, es un ejemplo. También escribo esto porque igual y le sirve a alguien más o me sirve a mí mismo para algunas referencias.
Para la persistencia de datos utiliza MySQL. Guarda productos y ventas. No maneja permisos de usuarios. Almacenamos el carrito de compras en la sesión, y bueno, mejor lo explico por partes.